Отто Киссенберт родился 26 февраля 1893 г. в Ландсхуте, Бавария.
Образование получил во Франции в Гренобльском университете, затем получил диплом инженера-механика в техническом училище в Мюнхене. Увлекся авиацией и получил диплом пилота авиатора во время работы на авиапредприятиях Густава Отто.
Когда разразилась Первая мировая война, Отто поступил в авиацию и прошел подготовку в FEA 1 в Шлиссхайме, после чего в конце 1914 г. был направлен в FA 8b. Он стал вице-фельдфебелем в марте 1915 г., был ранен при выполнении боевого задания над Вогезскими горами 21 марта.
После выздоровления Киссенберт 8 июля был направлен в FA 9b, базировавшийся в Тоблахе (в Доломитских Альпах), на Итальянском фронте. Впервые он обрел широкую известность после дальнебомбардировочного налета на Кортину 31 июля 1915 г.
Вскоре после этого FA 9b был переведен из Италии на относительно спокойный участок Западного фронта — в Вогезы. В 1916 г. Киссенберт стал летчиком-истребителем в составе КЕК Einsisheim, отделившемся от FA 9b.
Во время знаменитого бомбардировочного рейда на Оберсдорф 12 октября 1916 г. молодой летчик эффектно начал свой боевой путь в воздухе, сбив сразу три самолета противника.
1 ноября КЕК стала ядром для создания Jasta 16, в которую поступил и Отто Киссенберт. В отличие от всех «общепринятых» стандартов, представляющих летчика исключительно с «орлиным» зрением, Киссенберт носил очки, как, впрочем, и его друзья — немецкие асы Первой мировой Бернерт и Винтгенс.
4 августа 1917 г. Киссенберт был назначен командиром Jasta 23 и оставался на этом посту, пока не разбился и не получил тяжелые травмы, облетывая 29 мая 1918 г. трофейный Sopwith Camel. Кстати, на этом Camel, бывшем самолете 3-й британской морской эскадрильи, Киссенберт одержал свою последнюю победу.  Всего на счету аса было 20 воздушных побед.
Награждение его баварским орденом Военных заслуг 4-й степени с мечами и короной состоялось 5 декабря 1917 г., но еще ранее ас получил Железный крест 1-го и 2-го класса.
Находясь в госпитале, Киссенберт 24 июля был награжден орденом «Pour le Merite», а 19 августа получил звание обер-лейтенанта.
Кроме того, кайзер пожаловал ему Рыцарский крест ордена Дома Гогенцоллернов.
Едва подлечив свои раны, Отто Киссенберт стал начальником летной школы в Шлиссхайме и возглавлял ее до конца войны.
Роковым для него оказалось увлечение альпинизмом — он погиб 2 августа 1919 г., сорвавшись с горы в Баварских Альпах.